Los cursos de mar de la UIM se desarrollan en tres fases : fase de academia , en tierra y previa al embarque; fase itinerante: con dos momentos el de navegación y el de ciudades de recalada, y la fase de proyecto, elaboración y presentación del mismo a fines de año.

Se establecerá un programa de formación teórica y práctica a realizar en el buque durante la navegación, repartido en los siguientes módulos:

Las clases teóricas (conversaciones con /palestras)
Con una duración máxima de 40 minutos y durante las tardes. Sus contenidos serán:
- Las ciudades atlánticas.
- Jarcia y velamen
- El viento, la marea y la navegación
- La puerta atlántica, las aguas jurisdiccionales, expansión, flujos, geoestrategia, recursos, problemas.

Clases prácticas
- Nudos
- Simulaciones
- Trabajo en la jarcia.
- Derroteros
- Lectura de mapas del tiempo
- Lectura de cartas
- Lectura de planos de las ciudades
- Taller de portugués y de español.

Todas las clases prácticas tendrán una duración de cuarenta minutos.

Los cuartos

La comunidad de aprendizaje embarcada está activa como tal 24 horas al día, para lo cual sus miembros se organizan en cuatro trozos o cuartos. Se denominan cuartos a los trozos del curso que atienden tanto las faenas generales como las guardias de cuatro horas y constituyen los equipos de investigación para los proyectos. Cada cuarto sirve un mástil y desarrolla una línea de proyectos de mar. Están bajo la responsabilidad de los oficiales y guarniçao del navío.

Cada cuarto lo integran alumnos y dos profesores tutores (PTM), quienes realizan las distintas funciones encomendadas al grupo en los diversos momentos de la navegación y de la formación.

A los efectos de la redacción de los proyectos de mar cada cuarto puede subdividirse en dos o tres grupos de proyecto bajo la tutoría de un PTM.

Proyecciones y audiciones

A la noche podrán proyectarse documentales y realizarse actividades musicales si el tiempo y el estado de la mar no lo impiden.

Visitas en las ciudades de recalada

Tienen un doble objetivo:
1. Proporcionar un contacto con elementos que faciliten información de la ciudad-región, que contribuyan al enriquecimiento de la dimensión formativa del programa (reconocimientos territoriales organizados).
2. Posibilitar a los alumnos el descubrimiento, por interés propio, de las diferentes ciudades de recalada (visitas libres).

Las visitas organizadas son obligatorias para todos los alumnos y se deberán realizar observando las condiciones de orden, de puntualidad y participación inherentes a un momento formativo.

Las visitas libres serán responsabilidad de los alumnos y podrán realizarse una vez concluidas las tareas de a bordo. Deberán cumplirse las condiciones de visita que, en cada caso, se establezcan, especialmente en cuanto a la hora de retorno.