El programa de formación de los cursos de mar se concibe como una unidad, de carácter transversal e integrada, y se presenta en dos subprogramas.

• El de academia, donde se imparten en tierra contenidos teóricos y prácticos en la Escuela Naval de Lisboa y en el Centro de Servicios Universitarios de Avilés, o en otros lugares que se determine. El de ciudades se impartirá en las ciudades de recalada, encargándose la dirección del curso de seleccionar los profesores en cada ciudad.

• El itinerante. Con dos momentos:

- El de navegación que se imparte en un navío de instrucción marina, normalmente el NTM Creoula. Se consideran actividades del proyecto pedagógico las propias de un buque escuela o navío de instrucción marina, por lo que los momentos de formación son todos los que dura la navegación, si bien con diferentes actividades: palestras, talleres, seminarios, reuniones de grupo, asambleas, prácticas, faenas generales, guardias o servicios de a bordo. La cooperación en las labores marineras que el comandante del navío determine, es una de los valores añadidos que da especificidad a los cursos de mar, buscando la mayor participación en faenas y enseñanzas propias de la navegación en condiciones de seguridad y armonía.

- El de ciudades de recalada, que se imparte en las ciudades de recalada

• El de proyecto .Después de un tiempo variable que se determinará previamente cada uno de los alumnos deberá presentar:

-  Un trabajo final, llamado proyecto de mar, elaborado en equipo internacional, interdisciplinar y con equilibrio de géneros, sobre los temas tratados en el curso. Para su realización contará con la asesoría de un profesor tutor de mar  y será expuesto y defendido públicamente ante los tribunales constituidos al efecto en Porto y Avilés, hasta cuatro meses después de finalizar el programa. Dependiendo de la naturaleza del curso (propio, posgrado, doctorado) el proyecto de mar se adecuará a las condiciones específicas del curso.

- Un diario de a bordo, elaborado individualmente durante las dos fases anteriores y en el que el alumno condensa su experiencia personal en la UIM y en los dos subprogramas. Como cuaderno de curso contendrá las actividades diarias realizadas, y el resultado personal de los diferentes programas realizados con expresión de los materiales utilizados, notas personales de las clases, incidencias y observaciones acerca de la navegación, valoraciones personales, intentando encontrar y expresar el valor añadido que para el alumno participante tiene la experiencia, cuidando y adaptando la presentación y el lenguaje al estilo tradicional de los cuadernos de bitácora.